El proceso de elaboración de las anchoas sigue siendo, en la mayoría de los casos, un trabajo artesanal, manual y muy meticuloso. La calidad del producto depende, en gran medida, de la habilidad y empeño de los manipuladores cuando realizan su trabajo.

Una vez capturadas y transportadas hasta las fábricas conserveras, las anchoas se descabezan, evisceran (quitar las tripas) y lavan. Después se introducen, separadas por tamaños, en cubos o barriles donde se colocan por capas. Se alterna una capa de sal y otra de anchoas hasta llenar el envase, de modo que la sal sea la última capa. Posteriormente, se coloca un peso sobre los recipientes y se deja así desde un mínimo de 3 meses hasta un máximo de 7 meses. Durante este periodo se produce una pérdida de agua y grasa en la carne de la anchoa, incorporándose la sal en su lugar, lo que favorece una serie de transformaciones que hacen que el pescado madure y adquiera las características de color, olor, textura y sabor propias de la anchoa en aceite. Con el salado se consigue, además, la deshidratación parcial de los alimentos, y con ello también la inhibición de algunas bacterias.

Una vez sacadas las anchoas de los depósitos, se lavan, se eliminan el agua sobrante y la espina dorsal y se recortan los restos de espinas y piel, quedando los filetes limpios. Finalmente, se introducen en envases (latas o tarros de cristal) que se rellenan con aceite, y se cierran herméticamente.

Hay dos tipos de semiconservas de anchoas: las artesanales y las de elaboración industrial. Las primeras no se someten a ningún tratamiento térmico, y en las de elaboración industrial se aplica un tratamiento por calor, el escaldado, que consiste en introducir las latas en agua caliente. De todos modos, ese escaldado no destruye totalmente los microorganismos ni garantiza su estabilidad a temperatura ambiente.

Por ello, las anchoas en aceite, independientemente de que sean de elaboración artesanal o industrial, son semi-conservas que deben guardarse en el frigorífico o en lugares muy frescos, entre 5 y 15 grados centígrados, hasta el momento de su consumo. Por otro lado, las latas no deben presentar abolladuras ni restos de óxido, y han de desecharse las latas que se ven hinchadas, porque ello indica que el producto está contaminado.