En relación con el establecimiento de sistemas para garantizar la seguridad y la inocuidad de los alimentos, y por lo tanto de los productos lácteos, el Reglamento 852/2004/CE, establece que son las propias empresas del sector alimentario las responsables de garantizar la seguridad de los productos que ofertan a los consumidores mediante actividades de autocontrol, y que un sistema eficaz en este campo es el sistema de Análisis de Peligros y Puntos de Control Crítico (APPCC).

En las industrias lácteas además de esto concurre legislación horizontal que afecta a todos los productos alimenticios como son las que afectan al etiquetado, a los aditivos, a las superficies en contacto con los alimentos, la que dicta normas sobre límites de contaminantes abióticos, normas de microbiología, etc. todas ellas con reglamentación legal general para todos los alimentos.

Según sea el tipo de lácteos a elaborar deberán cumplir, además, la legislación específica de ese producto, si la hubiera. Por ejemplo en yogures se debe cumplir el Real Decreto 179/2003, de 14 de febrero, por el que se aprueba la Norma de Calidad para el yogur o yoghourt, entre otros.